通勤手当といえば、所得税がかからないものと思い込みがちですが、実は一定金額（非課税限度額）を超えると「給与所得」として所得税が課されることになっています。
↓詳細は以下の国税庁サイトをご覧ください。↓
http://www.nta.go.jp/gensen/tsukin/index.htm
この非課税限度額に関する政令が平成26年10月20日に改正され、通勤手当の非課税限度額が引き上げられました。
対象となる通勤手当は、自動車や自転車などの交通用具を使用して通勤する人に支給する通勤手当で、平成26年4月以後支払われるべきものです。
従って、以下の通勤手当については、改正後の非課税規定は適用されず、改正前の非課税規定が適用されることになります。
①平成26年3月31日以前に支払われた通勤手当
②平成26年3月31日以前に支払われるべき通勤手当で4月1日以後に支払われるもの
③①または②の通勤手当の差額として追加支給されるもの
今回の改正は中途半端な時期に施行されましたので、適用時期はいつからなのか？4月以降に徴収しすぎた源泉所得税はどうすればよいか？など混乱が生じています。
しかし、難しく考える必要はありません。
4月以降に給与所得として源泉徴収しすぎた金額があれば、年末調整で精算すればよいだけの話です。
なお、年末に在籍していない人は確定申告で精算することになるようです。